Setelah itu dia didapuk sebagai kepala BNPB sampai pensiun dari TNI AD pada 2021. Doni juga didaulat menjadi Ketua Umum Persatuan Purnawirawan TNI Angkatan Darat (PPAD) pada 2022.

Sepanjang kariernya, Doni Monardo mendapat sejumlah bintang jasa dan penghoramatan di antaranya Bintang Jasa Utama pada tahun 2014 dan Tanda Kehormatan Bintang Dharma pada tahun 2019. Selain itu Doni juga mendapat sejumlah Bintang Satyalancana.